Au vilage caché de Konoha, les enfants sont entraînés, dès leur plus jeune âge, afin de devenir des ninjas. Le Hokage, le protecteur et chef du village, et reconnu comme étant le ninja le plus puissant.
Il y a de cela douze ans , Kyûbi, un démon éyant la forme d'un renard à neuf queues, entreprit la destruction du village de Konoha, mais le quatrième Hokage neutralisa ce démon en le scellant dans le corps d'un nouveaux-né : Naruto Usumaki. Le quatrième Hokage se sacrifia ainsi pour le village de Konoha.
L'histoire commence pendant l'adolescence de Naruto, vers ses douze ans. Orphelin, éternel cancre et grand farceur, il fait toutes les bétises possible pour se faire remarquer. Son rêve: devenir Hokage afin d'être reconnu par les habitants de son villages. En effet, le démon scellé en lui à attisé la crainte et le mépris des autres villageois, qui, avec le temps, ne font plus de différence entre le Kyûbi et Naruto. Malgré cela, Naruto s'entraine dur pour devenir genin, le premier niveau cher les ninjas. Après plusieurs essais, il arrive finalement à recevoir son bandeau frontal de Konoha et la promotion qui va avec. Il et alors inclus dans une équipe de trois avec, Sakura Haruno et le talentueux Sasuske Ushiwa. Peu après, il rencontre leur chônin, celui qui s'occupera de leur formation: le mystérieu Kakashi Hatake.
Suite à quelques missions, Kakashi considère les membres de son équipe prêts à devenir chûnin.Ce niveau, entre celui de genin et selui de jônin, leur permettra d'accomplir des missions de plus grandes importance. Cependant, un criminel exilé du village nommé Orochimaru interrompt l'examen pour détruire Konoha. Son arme principale pour cette opération est un jeune homme, Gaara, qui possède comme Naruto un démon. Naruto, aidé par ses amis, réussira à le vaincre, et le village sera sauvé grâce au sacrifice du troisième Hokake.



